非洲象牙海岸发掘出了写有符号的飞船碎片，发现碎片的相关科学家纷纷被谋杀。这些碎片让Mulder脑海中听到无数声音并同痛不欲生。Scully发现碎片上的符号可能是人类的基因蓝图。Mulder被关进了精神病院。Scully来到象牙海岸，看到半埋在沙滩中的飞船。

Mulder和Scully伪装成一对夫妇来到一个秩序井然的美丽社区调查居民失踪案，发现一切是由懂远东意念术的人用泥土创造的幻人所为。

佛罗里达的暴风雨把深海的一种生物带到了小城的排水系统中。这种只能在咸水中生存的生物能把人融解为水。5X15中的前X档案探员请MS来帮助解决这个问题。

Skinner的身体被注入了纳米机器人，他的生死全由Krycek一手掌握。

辛迪加抓到了 Spender的母亲和MS。Mulder了解到如果殖民方alien知道混种研究已经成功，殖民就会开始，而辛迪加故意拖延研究混种并一直隐瞒真相是为了赢得研制疫苗的时间。意识到叛军的力量已是无法阻止的，CSM等辛迪加决定把Spender的母亲交给殖民方，让殖民开始，以保存自己。但叛军先行一步，最终夺走的Spender的母亲，烧死了除CSM外的…

暗恋Scully的小说家为了接近Scully，在小说中创作了完美的犯罪，小说中的杀手来到现实中执行了这些罪行。在了解到Scully心有所属后，小说家不知如何结尾了，而小说中的杀手告诉他应该杀死Scully。

5X15中的前X档案探员有个双胞胎兄弟，给Mulder讲了一个发生在1947年的故事，有关alien、赏金杀手、棒球，还有单纯的快乐。

Spender 的母亲没有死。她意外成了第一例成功的人类/alien混种，也就是辛迪加与殖民alien协议研究的在殖民后为其充当奴隶的人种。同时，叛军外星人的力量暂时占了上风，他们渗入了辛迪加组织，意图夺走spender的母亲。CSM要继续保护和殖民方合作同时暗地研制疫苗的计划，在对自己亲手扶植的儿子 Spender失望之余，他找来Fowley帮忙。

一个从死神的名册中被除去名字的摄影师，靠捕捉他人的死亡瞬间来寻求死神的重新眷顾。最终他如愿以偿，死神却对Scully背过了身体。

小镇上的天气预报员一直深爱着一名女子，她的情感经历波折丰富。只是他们还不知道，他的情绪会影响当地的天气。