黑暗皇帝為了達成統治地球的目的，命令恐怖的蝙蝠怪人率領一眾怪獸出擊，在東京實行兇殘的“卡拉卡拉作戰”，要把全日本人的血和水吸乾……少年隊成員姊弟受到可怕襲擊，假面騎士Ｘ深入基地拯救無辜市民，與眾怪人展開連場激戰。最後，五位假面騎士：一號、二號、Ｖ３、騎士人與Ｘ共同聯手，誓要粉碎黑暗皇帝的血腥陰謀。

因為光明寺博士所製造的機械人都被邪惡的基路博士用來作姦犯科，所以他秘密製造了一個人造人，希望可以破壞基路博士的陰謀。但在完成前被基路博士發現，研究所爆炸，光明寺博士亦失蹤。後來光明寺博士的一對兒女被基路博士的機械人襲擊，此時有一個名為次郎的人出現，他變成電腦奇俠救了她們。原來次郎就是光明寺博士所製造的人造人，為了正義與…