在不久的将来，世界不再以国界来区分，整个地球成为了一个统一的个体。人类开始用发达的科技建立一个理想的乌托邦，人棋类借着高科技产生了高度发达的机器人，这些机器人以协助人类为目标，并与发展了密不可分的人关系。一间历史悠久的机器人总部 “セイバーキッズ”天神林家庭的三兄弟利用由祖父发展机械，阻止邪恶博士率领的阴谋。

柯南在街头目睹一名正打电话的警察在雨中被射杀，忙将凶手追踪，但凶手逃脱。死者闭眼一刻紧抓左胸，似乎有所暗示。事后柯南从目暮警官口中了解到紧抓左胸是暗示那里有警察手册。不久又有警察手拿警察手册被人射杀于地下车库。对于这两起案件，目暮警官等人一反常态不愿向毛利小五郎及柯南透露太多信息。毛利不甘心进一步追问，白鸟警官只答一句…

旧暦の10月が神無月ではなく“神在月（かみありづき）”と呼ばれ、全国の八百万の神々が集まる神話の地として知られる出雲。「神在月のこども」では毎年神々が行うという翌年の縁を結ぶ会議“神議り（かみはかり）”を題材に、出雲を目指して駆ける少女の成長が描かれる。