当Alex, Marty Gloria和Melman几个主角还在非洲悠闲度日，四只企鹅中欣赏到它们的精彩演出。

当Alex, Marty Gloria和Melman几个主角还在非洲悠闲度日（从《马达加斯加：逃往非洲》后），四只企鹅（首领Skipper, 智囊Kowalski, 最年轻的Private和最疯狂的Rico)已经回到了纽约中央动物园，并在此地执掌管理大权。与此同时他们还要执行各种秘密任务，时不时地他们就要从动物园逃出来执行任务。 正当这一队企鹅觉得自己已经运筹帷幄之际，新…